黃連與黃芩在根莖、葉片和花朵方面有明顯的區別。首先，在根莖方面，黃連的根莖呈黃色，會有分枝，具有很多細小的須根。而黃芩的根莖非常肥厚，屬于肉質的，底部伏地或上升，高度可達30-120厘米，底部的徑約為2.5-3毫米左右。

其次，在葉片方面，黃連的葉片有一定的革質感，長度約為3-8厘米，寬度約為2-3厘米，頂端呈卵狀三角形。而黃芩的葉片為堅紙質，長度約為1.5～4.5厘米，寬度約為0.5～1.2厘米。葉片的頂端相對較鈍，底部呈圓形，整體呈披針形至線狀披針形。葉片上面呈暗綠色，而下面的葉色相對較淡。

最后，在花朵方面，黃連的花朵形狀為線形或活線狀披針形，長度約為5-6.5毫米，頂端逐漸尖銳，并具有蜜槽。黃芩的花朵則呈紫色、紫紅色或藍色，長度約為2.3-3厘米，花柱十分細長，先端較為尖銳，微裂。

綜上所述，黃連與黃芩在根莖、葉片和花朵方面存在明顯的差異。