山茱萸和吳茱萸在葉子、花朵和果實方面有明顯的區別。

首先，在葉子的形狀上，山茱萸的葉子是對生的，并且通常為紙質質地。葉片的形狀呈卵狀披針形或卵狀橢圓形，長約5.5到10厘米，寬約2.5到4.5厘米。葉子的先端逐漸變尖，基部為寬楔形或接近圓形。葉子的邊緣是整齊的，上表面為綠色，下表面為淺綠色。

而吳茱萸的葉子通常由5到11小葉組成，小葉的質地薄或厚紙質。葉片的形狀可以是卵形、橢圓形或披針形，長約6到18厘米，寬約3到7厘米。小葉的邊緣也是整齊的，或者接近淺波浪狀。葉子的兩面以及葉軸上都有絨毛生長。

其次，在花朵的形態上，山茱萸的花序生長在枝的側面，花瓣的數量為4枚，形狀為舌狀披針形，長約3.3毫米，呈黃色。

吳茱萸的花序則生長在枝的頂部，花朵的萼片和花瓣的數量都為5枚，花瓣的長度為3到5毫米，花瓣的腹面上有絨毛。

最后，在果實的特征中，山茱萸的果實呈長橢圓形，顏色為紅色或紫紅色，長度約為1.2到1.7厘米，直徑為5到7毫米。

吳茱萸的果序寬度在3到12厘米之間，成熟時呈暗紫紅色，并且具有油點。