木蘭爛根的初期處理方法是更換盆土。木蘭爛根一般是由于盆土過于濕潤造成的。只需要替換土壤并去除爛根即可。因此，在平時澆水時也要注意不要過頻，并避免積水。等盆土干燥后再進行澆水，一般常溫下一周澆透水一次即可。
通風換氣也對植物的健康很重要。及時通風，可以將木蘭放置在通風良好的地方，或經常將其移至室外通風曬太陽，保持栽培環境的干燥。但要避免夏季正午陽光的直射。
減少澆水也是處理木蘭爛根的方法之一。如果盆土過于濕潤導致根部缺氧，無法呼吸，就需要細心照料使其恢復。逐漸減少澆水的次數，從一天兩次減少到一天一次或兩天一次，逐漸改善土壤的濕度。等到情況基本改善后，再恢復正常的澆水量。
如果經過澆水和曬陽光后，根的情況沒有改善，可以嘗試使用一些植物營養液。但要注意不要使用過多，按照說明書上的比例來，最好稀釋后噴灑在葉面，切記不要過度濃縮。
對于木蘭爛根嚴重的情況，處理的方法包括將所有爛根切除和重新栽植。如果爛根情況較為嚴重，可以消毒專用刀具后將爛掉的根進行切除，剩下的根部可以涂抹生根劑，更換新土，并細心照料。過不了多久，健康的新根就會長出來。
如果根部完全爛掉，直接移植應該是最有效的處理方法。可以將植物莖上的小植株剪下，直接種植在培養土中或水中，細心照料，就可以促使其生根，之后再進行移植栽種。