一、根莖區(qū)別
石菖蒲的根莖粗度約為2-5mm，具有淡淡的芳香，呈淡褐色，根莖質(zhì)地肉質(zhì)，上面覆蓋著許多須根，節(jié)間通常長度為3-5mm。
水菖蒲的根莖呈橫走狀，粗度約為5-10mm，同樣具有芳香，但顏色為黃褐色。它的肉質(zhì)根莖長度約為5-6cm，須根呈毛發(fā)狀。

二、葉子區(qū)別
石菖蒲的葉子很薄且線形，長度大約為20-30cm，有時可達(dá)到50cm。葉色為暗綠色，沒有突出的中肋。
水菖蒲的葉子為劍狀線形，稍長一些，長度約為90-150cm。葉子呈綠色，非常光亮，有明顯的中肋。

三、習(xí)性區(qū)別
石菖蒲喜歡在半陰的環(huán)境下生長，不喜歡陽光直接照射，喜歡濕潤的環(huán)境。
水菖蒲同樣喜歡濕潤的生長環(huán)境，偏愛溫暖，要求環(huán)境溫度保持在20-25℃左右。