這兩種枸杞在外觀上有明顯區別。黑枸杞的果實呈黑紫色，形狀扁圓且帶有小果柄；而紅枸杞的果實呈長圓形，外觀為紅色，沒有果柄。

在食用方法上也有一些差異。由于黑枸杞富含花青素，高溫會導致花青素流失和營養成分的破壞，因此一般直接食用或者用溫水泡水喝，水溫不能太高。而紅枸杞則不太會受到高溫的影響，可以直接泡水喝，也可用于泡酒、熬湯、煮粥等多種方式。

兩者的功效和作用也略有不同。野生的黑枸杞個頭較小，含糖量比紅枸杞低，因此在直接咀嚼食用時口感沒有紅枸杞那么甜，但其營養價值更高。黑枸杞被譽為“滋補軟黃金”，含有100多種對人體有益的營養物質，具有高藥用價值，甚至有助于治療惡性疾病。

紅枸杞具有廣泛的用途，具備滋陰補血的養身作用，但對于惡性疾病的幫助程度不如黑枸杞。相比之下，紅枸杞的營養價值相對較低，花青素含量也較少，這也是黑枸杞價格普遍高于紅枸杞的原因之一。