菏澤市牡丹區街道共分為18個，分別是東城街道、西城街道、南城街道、北城街道、牡丹街道、何樓街道、皇鎮街道、沙土鎮、吳店鎮、王浩屯鎮、黃堽鎮、都司鎮、高莊鎮、小留鎮、李村鎮、安興鎮、大黃集鎮、胡集鎮。牡丹區位于山東省菏澤市，地處山東省西南部，緊鄰黃河下游南岸，北臨鄄城，東接鄆城和巨野，南與定陶、曹縣相鄰，西與東明相連，而西北部緊鄰黃河，與河南省濮陽市隔河相望。