卷丹青霉病是一種在貯藏過程中出現的病害。當鱗片上出現腐爛的斑點時，白色斑點會長出，并且隨后會長出綠蘭色的絨毛狀斑塊。被侵染后的卷丹在低溫（-2℃）下會加速腐爛的過程。最終，病菌會侵入到鱗莖的基盤，導致植株生長速度減慢。盡管鱗莖看起來不健康，但只要基盤完整，植株的生長不會受到影響。此外，該病害不會通過莖桿或者土壤傳播到其他植株上。

預防和治理卷丹青霉病的方法包括：不要種植被侵害基盤的鱗莖，將種球保存在推薦的最低溫度下，對于受感染的種球，在種植之前必須先用千分之一的殺菌劑水溶液進行浸泡30分鐘，然后再進行定植。定植后，保持適宜的土壤溫度。

卷丹疫霉菌是另一種病害，植株腳腐會阻礙卷丹的生長，嚴重情況下會導致枯萎。被感染的莖基部會產生軟腐，呈暗綠色至黑褐色，并向上擴展，葉子也會變黃。地面莖部也常發生類似軟腐的感染，導致莖部彎曲或倒伏。

預防和治理卷丹疫霉菌的方法包括：使用土壤消毒劑對土壤進行消毒；在栽培過程中使用能抑制腐霉菌的殺菌劑也是有效的措施；確保土壤排水良好；避免作物處于持續潮濕的狀態；在夏季盡量降低土壤溫度。

卷丹落蕾干縮是另一種癥狀。當花蕾長到1~2厘米時，花蕾會脫落。落蕾的特征是花蕾變成淡綠色，與莖相連的花梗縮短，并最終脫落。春季時低位的花蕾首先受到影響，而在秋季高位的花蕾會首先脫落。

預防和治理卷丹落蕾干縮的方法包括：避免將易落蕾品種種植在光照不足的地方；在栽培期間，要保持鱗莖的濕潤，以防止花蕾干縮發生。確保鱗莖的根系良好，并為其提供適宜的環境條件，特別是要注意光照和蒸騰的水分交換。