提取出夢幻的睫毛DNA后，制造出了能夠使用念力的強大神奇寶貝超夢。超夢是一種人工創造的神奇寶貝，它是通過克隆而產生的。在新島附近出現夢幻的同時，超夢正通過與自己的克隆體展開戰斗來測試它們作為克隆寶可夢的能力。
超夢摧毀了自己的實驗室后，火箭隊首領坂木利用超夢的能力，聲稱要幫助它控制自己的力量。然而實際上，坂木將超夢當作武器來利用。超夢擺脫了坂木的控制后，開始質疑自己的存在，并決定向自己的創造者復仇。為了實現這個目標，超夢邀請了一些寶可夢訓練家，包括電影主角小智，來到他的島上，并計劃克隆他們的寶可夢。一旦計劃成功，局勢逐漸升級：原身和克隆體之間進行激烈的戰斗，超夢則與夢幻展開了一場決戰。
小智為了平息戰斗而犧牲自己，隨后又被復活了。看到小智為了阻止原身和克隆體之間的戰爭而變成石像，交戰雙方流下眼淚的情景感動了超夢，它意識到不論是原身還是克隆體都是真正的生命。因此，超夢放下了仇恨，抹除了小智等人的記憶，并帶領著克隆體同伴展開了尋找新家園的旅行。