華為P40 Pro配備了華為自家研發的麒麟990處理器。這款處理器是華為最新一代的手機處理器，內置了巴龍5000基帶，并采用了臺積電最新的7nm工藝制造。雖然整體架構沒有進行大幅度改變，但是制程工藝方面有所提升。