提取出夢幻般的睫毛DNA，創造出神奇寶貝超夢，超夢是一種合成的人造寶貝，也就是說它是被克隆出來的。嶄新的新島上出現了夢幻，并與此同時，超夢正通過與自己的克隆體戰斗，測試它們這些新克隆的初學者寶可夢的能力。超夢摧毀了出生的實驗室后，坂木首領以幫助超夢掌控自身能力為由，說服超夢與他合作。然而實際情況是，坂木是將超夢當成一種武器來利用。在擺脫坂木的控制后，超夢開始懷疑自己的存在，并決定報復制造他的人。為了實現這個目的，超夢邀請了包括電影主角小智在內的幾名寶可夢訓練家來到自己的島嶼，并計劃克隆他們的寶可夢。一旦計劃成功，局勢變得更加復雜：原生體和復制體們進行戰斗以決定誰更優秀，而超夢自己則與夢幻展開一場對決。小智為了平息爭斗而犧牲，隨后卻被復活。超夢看到小智為了阻止原生體和復制體之間的戰爭而被石化的情景，以及兩方流下眼淚，被打動。超夢意識到無論原生體還是復制體都是真實的生命，于是他親自解除了仇恨，將小智等人的記憶抹去，帶領著復制體同伴展開了一段尋找安樂的旅程。