飛機配備了衛生間供乘客使用，每架飛機上的衛生間數量和大小各不相同，與飛機的機型有關。大型飛機通常配置更多且更寬敞的衛生間，這些衛生間主要分布在客艙的前部和尾部，有些飛機還在客艙中部設置了衛生間。

飛機的衛生間內部一側設有洗手池和水龍頭，使用方法與一般酒店的公共衛生間相同。而衛生間的中央是馬桶，馬桶蓋的正面或反面貼有警示牌，提示乘客不要將紙巾、尿不濕、一次性手套等物品扔入馬桶。

一般情況下，當飛機遇到氣流顛簸時是禁止乘客上廁所的。然而，為了防止乘客在使用衛生間時受到顛簸的影響，衛生間的側壁上安裝有輔助手柄，乘客可以借助手柄穩定身體，防止摔倒受傷。當乘客在緊急情況下需要協助時，可以按壓緊急呼叫按鈕，向乘務員尋求幫助。