據2017年2月學校官網披露，吉首大學在湖南省湘西土家族苗族自治州和張家界市兩地設立了校區，校本部位于湘西自治州首府吉首市。吉首大學校園總占地面積2400余畝，建筑面積約60萬平方米，共有六大校區，分別是：吉首市砂子坳校區位于湖南省吉首市人民南路120號；大田灣校區位于湖南省吉首市大田路；石家沖校區位于湖南省吉首市榮昌路18號；雷公井校區位于湖南吉首市雷公井10號。張家界市的三角坪校區位于湖南省張家界市永定區子午西路；熱水坑校區位于湖南省張家界市永定區熱水坑1號。