二本大學學費在不同省份、地區有所不同。經濟發達的省份，學費大約在6000元左右，而經濟發展水平較差的地區，學費則約為3600元左右。此外，城市和專業的不同也會導致二本大學學費的差異。公立大學一般收費在4000至6000元間，中外合作辦校或者中外合作辦學的專業學費在15000至50000元之間，極少數的學費甚至超過50000元，而私立大學或獨立學院的學費則在10000至50000元之間。專業院校的學費一般在10000元以上，還有一些極少數學費在80000至100000元之間，例如北京師范大學與香港浸會大學的合作辦學項目以及上海紐約大學。在一線城市的二本大學中，以上海中醫藥大學為例，學費標準為一般專業每生每學年5000元，而特殊（熱門）專業每生每學年6500元。藥學（中英合作）專業（為熱門專業）的學費為每生每學年19000元，護理（中英合作）專業（為熱門專業）的學費為每生每學年18000元。